A origem do Mosteiro remonta a um chamado de Deus dirigido à Madre Francisca de Jesus (Francisca Bernardina de Carvalho do Rio Negro). Em 13 de dezembro de 1910, ela, aconselhada pelos seus confessores e com a santa ousadia de uma serva da Igreja, se dirigiu ao Vaticano e recebeu acolhimento e incentivo do Santo Padre São Pio X para a fundação, com a orientação de que iniciasse seus trabalhos em Roma. Madre Francisca estabeleceu como lema a frase “Christo et Ecclesiae”, que permanece como a divisa do Mosteiro da Virgem até hoje e queria dedicar as orações diárias das poucas religiosas que compunham seu grupo pelas vocações sacerdotais.

A fundação teve início em um apartamento na Vila Patrizi, próximo à Porta Pia, ainda com a oposição de sua família, que enxergava na bela jovem uma futura mãe de família. Em 19 de março de 1918, a comunidade foi transferida para a Via Tusculana, onde foi construída uma pequena igreja dedicada à Imaculada Conceição. O local recebeu o nome de Priorado da Virgem e foi idealizado como o primeiro mosteiro da congregação. A vida monástica logo se estruturou inicialmente conforme a espiritualidade dominicana, da qual, em 1923, se filiou.

Contudo, as religiosas sentiram a necessidade de retomar a inspiração original da Companhia da Virgem. Assim, em 1931, foi solicitado e obtido o desmembramento da Ordem. Madre Francisca faleceu em 28 de maio de 1932, falecendo em odor de santidade e sofrendo dores excruciantes devido à doença de Basedow.

A iniciativa de trazer a Companhia da Virgem para o Brasil partiu da esposa do Embaixador Luiz Guimarães, então representante brasileiro junto à Santa Sé. A transferência foi oficializada por meio de um documento assinado pelo Visitador Apostólico, Pe. Lázaro d’Arbonne, em 20 de setembro de 1937.